合理配置资源以推动重大工程创新生态系统中创新主体的有效协同，是技术攻关过程中实现创新价值涌现的关键问题；新型举国体制是有效发挥“政府—市场”二元作用以提升资源配置效率的重要途径。本文立足于资源视角，以港珠澳大桥技术创新实践为研究对象，综合应用模糊集定性比较分析（fsQCA）和指数随机图模型（ERGM）两类方法，探讨了重大工程创新生态系统中创新主体的资源基础、资源依赖结构、资源管理行动对创新价值涌现所产生的复杂组态效应。研究结果揭示了4类涌现出高创新价值的资源配置模式，即“协同—共创”型、“聚合—突破”型、“延拓—变革”型和“巧用—效率”型。本文拓展了重大工程创新管理的研究，对有效依托新型举国体制、合理配置资源以攻克技术难题具有理论与实践启示。